Para realizar backups de bases de datos MySQL, se suele usar el comando mysqldump. Este comando, se encarga de generar las consultas necesarias para recrear toda la estructura de tablas y su contenido, a base de sentencias SQL. Sin embargo, este comando, puede resultar muy lento, para bases de datos grandes.
Si se quiere hacer un backup de una base de datos con tablas MyISAM, desde la propia documentación oficial de MySQL se insta a usar mysqlhotcopy en lugar de mysqldump:
«If you are doing a backup on the server and your tables all are
MyISAMtables, consider using the mysqlhotcopy instead because it can accomplish faster backups and faster restores»
Fuente: aquí